Mehrere jüdische Organisationen und Gruppen in Deutschland haben sich in öffentlichen Stellungnahmen zur israelischen Militäraktion im Mittelmeer geäußert. Übereinstimmend wird darin Bestürzung über die Toten und Verletzten geäussert. Zudem fordern die Organisationen eine schonungslose Aufklärung der Vorgänge auf den Schiffen der »Gaza-Flotte« und verweisen auf die politischen Hintergründe der Aktion.
Im Mediendienst des Zentralrates der Juden in Deutschland schreibt Generalsekretär Stephan J. Kramer: »Kern des Problems ist die Tatsache, dass es den Initiatoren der Flotte – hinter ›nützlichen Idioten‹ aus dem Westen stehen dabei in der Wolle gefärbte Fundamentalisten mit Querverbindungen zum weltweiten Dschihad-Netzwerk – nicht um das Schicksal der Palästinenser, sondern um die Schaffung von Voraussetzungen für ungehinderten Waffentransport an die Hamas-Bewegung und deren Geistesverwandte in Gaza ging.«
Die Jüdische Gemeinde zu Berlin verurteilt eine einseitige und vorschnelle Vorverurteilung Israels: »Mit Bedauern muss die Jüdische Gemeinde zu Berlin aber feststellen, dass ein überwiegender Teil der Berichterstattung genau dies tut: Israel an den internationalen Pranger zu stellen, während gleichzeitig Fakten über die Organisatoren dieser politischen Aktion ungenannt bleiben.«
Die Orthodoxe Rabbinerkonferenz Deutschland weist auf antisemitische Reaktionen im Zusammenhang mit der Vorfällen hin: »Wir und unsere Gemeinden werden seit den Vorfällen am Montag verstärkt angefeindet. Wir sind entsetzt darüber, wie Menschen in Deutschland ihre Kritik an der israelischen Politik in judenfeindlichen Äußerungen formulieren.«
Der Arbeitskreis jüdischer Sozialdemokratinnen und Sozialdemokraten fordert, Menschenleben nicht für propagandistische Zwecke zu missbrauchen: »Auch gilt es gerade in Deutschland mit aller Kraft zu verhindern, dass die tragischen Ereignisse im Mittelmeer zu einem Vorwand für die Verbreitung von antisemitischer und israelfeindlicher Haltung missbraucht werden.«
